日本の税制は申告納税制度という国民一人一人が正しい申告・納税をしてくれるだろうという性善説に基づく考えで成り立っています。
税務調査とは、申告納税制度自体の公平性を担保するために、ごく一部の不心得者が得をすることがないように行われるものといえます。
国税庁の発表では、平成２４年度で１年間に調査（法人税・消費税）が行われた法人の件数は９万件ほどで、全法人のうち３~４％程度となっています。
調査の傾向としましては、国家公務員の定数削減という流れの中、国税職員においても例外ではなく、減少傾向にあります。一方調査対象の法人数は増加しておりますので、法人において調査が行われている率は３~４％程度にとどまっています。
つまり、単純計算では、２５年～３０年に一度しか調査が行われないことになります。 しかし、実際は、「うちは定期的に３～５年に一度税務調査受けてるけど・・・」という社長が多いのではないでしょうか。

税務調査とは、「調査の必要度合いが高い」法人に優先的に行われることとなっています。
限られた税務職員数の中、効率的な調査結果を求める以上は、必要度合いの高い法人から順番に行われることは当然のことです。わずか３～４％程度の税務調査必要度合いが高いと判断される法人には選ばれたくないものです。
それでは、実際調査に入りやすい法人とはどんな法人が対象になるのでしょうか？

1. 現金商売の法人
2. 変動の大きな法人
3. 調査したくなる取引があった法人

これらの法人は、税務署側から見れば調査して確認したいと思われてしまいます。 1.に関しては防ぎようがありませんので、調査に来られてもよいように準備するしかありません。
ただし、２．３．に関しては、実は税理士が作成する決算書及び申告書でいかに該当しないように判断される作成方法をとっているかによる部分が大きいのです。

税務調査が行われない、もしくは行われる周期が長い会社になるためには、「この会社は調査しても仕方ない＝必要度が低い」と税務当局に思ってもらうことです。
しかし、どうすればそんな会社になれるかをわかる経営者はほとんどいないと思います。
なぜならほとんどの経営者は「税務や申告のことは税理士に任せているので、脱税なんて絶対にしていない」と考えているからです。

税理士は決算書・申告書を作成するために税法に基づいて会計帳簿の作成を行い、その範囲内で、税金を適正に抑えるように工夫する役割を担っています。
もちろん税務調査で否認されては意味がありませんので、税理士の仕事の評価や価値とは、日々の決算・申告では測れず、税務調査を追徴課税なく切り抜けてはじめて測れるものです。現状として多い事例が、

1. すべての会計取引をカバーできず、税務調査で税務問題として指摘され追徴になる
2. 税務調査を過度に警戒し、保守的な処理を行った結果、本来納める必要のない税コストを
   負担させてします
3. 業種特有の実務や、複雑化した税法に対応できず、税務署のいいなりになってしまう
4. 「お土産」なるものが当たり前のごとくクライアントに説明し、是認通知をもらう気が無い
   本来税理士は、クライアントの信頼を得るため、税金のプロとしての知識を活用しながら、
   税務調査の「申告是認」を勝ち取らなければなりません。

本来税理士は、クライアントの信頼を得るため、税金のプロとしての知識を活用しながら、税務調査の「申告是認」を勝ち取らなければなりません。

現在の複雑化した経済状況下においては、税理士であっても判断に迷うようないわゆる「グレーゾーン」がなくなることはありません。
われわれM&Tでは、経験豊富な税理士４名がこれまで数多くの税務調査事例をもとに、十分な議論を行うことにより、チーム全体でクライアント様をお守りする体制をとっております。
すべてのクライアント様が、税務調査で否認を受けることなく 商取引や、ビジネスの流れなどについて事実関係をもとに徹底的に税務署と見解をかわしあうには、相当な経験が必要です。
経験豊富な税理士に立ち会ってもらえなければ税務調査はなかなか乗り切れません。 M&Tでは代表の三反田を筆頭に税務調査の件数は５００件以上、ここ数年は追徴税額が１００万円以上の事例は１件もありません。